玉米穗腐病的初浸染来源广，湿度是关键，因此在防治策略上，必须以农业措施为基础，充分利用抗（耐）病品种，改善储存条件，农药灌心与喷施保护相结合的防治措施。

　　1.农业防治。实行轮作，清除田间病株残体，合理密植，地膜覆盖，适期早播，站秆扒皮促进早熟。注意防虫、减少伤口。折断病果穗霉烂顶端，防止穗腐病在新扩展，充分成熟后采收，充分晾晒后入库储存。

　　2.选用抗病品种。在发病严重的地区，应选择抗性强、果穗苞叶不开裂的品种。如：雅玉889、路单8号、保玉7号、足玉5号、云瑞88、林新4号等品种。

　　3.药剂防治。①种子包衣。②防治穗虫。控制害虫（主要是玉米螟、黏虫、象甲虫金龟子）对穗部的危害。③吐丝期。用65%可湿性代森锌400—500倍液喷果穗，以预防病菌浸入果穗。