鲫鱼疫病主要以预防为主，对于细菌性鱼病（赤皮、烂鳃、肠炎等），每15天每公斤用1毫克漂白粉化水全池泼洒；寄生虫性鱼病，每月进行1次，每次每公斤用0.5毫克硫酸铜+0.2亳克硫酸亚铁合剂溶水泼洒，主要防治车轮虫、鳃隐鞭虫等原生动物寄生虫和中华鳋病。用每公斤0.3～0.5毫克晶体敌百虫或农用敌杀死（用量为每自水深1米用药6～10毫升）全池泼洒，用于防治池塘中锚头鳋、中华鳋等寄生虫幼虫。小面积主养池，可在发病季节每半月全池泼洒90%晶体敌百虫0.3毫升，大面积鲫鱼混养池，可在鲫鱼生长季节，在食场周围进行敌百虫挂篓（袋），每月1～2次，每次连挂2天。

在养殖中，出现患病征兆时，及时观察检查，确诊后一次性全池泼洒0.5毫升90%晶体敌百虫、0.1毫升硫酸亚铁合剂。对于继发性鲫锚头鳋病（或已多次使用敌百虫的池塘），可改用农用敌杀死全池泼洒，用量为每亩水深1米用6～10毫升。

鲫鱼经过产卵繁殖、鳞片脱落后，鱼体有所损伤，加上寄生虫侵袭，极易感染嗜水气单胞菌，应及时进行防治。具体防治时，如先发生寄生虫类疾病，应采用外消二氧化氯、生石灰、二溴海因等杀虫，同时结合内服氟苯尼考、诺氟沙星1～2个疗程来防治。