复合肥由于其养分含量及比例固定，所以不适合千变万化的土壤条件，也不适合不同作物对养分的特殊需求。为提高其使用效益，就应注意合理搭配其它单质肥料，以弥补其养分含量和比例上的缺陷。如在N、P都十分缺乏的土壤上，磷酸一铵或磷酸二铵因磷高氮低，就不能适应施肥中高氮、高磷的要求，应配合施用一定量的氮肥；如果土壤缺钾，还要配合施钾。

　　由于复合肥中其它有益元素含量较少，如磷酸一铵、磷酸二铵中Ca、Mg、S等中量元素的含量远远低于普钙中的含量，所以对于中量元素Ca、Mg、S敏感的作物，如油菜、花生、大豆、大白菜等，最好用其它肥料替代复合肥。在北方农业生产中就出现了大白菜上施用磷酸二铵效果不如施用等养分普钙和尿素效果好的现象。

　　一般来讲，复合肥的最大优势是做种肥，其效果优于其它单质肥料，用磷铵等复合肥作种肥，再配合单质化肥作基肥、追肥，其效果往往比较好。