进入秋季，棉花生长转入以吐絮、完成秋桃发育为主的生育后期。此期以养根保叶为中心，以科学的管理手段，促棉株健壮生长，防止早衰及贪青晚熟和烂桃，争取棉花丰收。具体管理方法有以下几点。
　　1.抗旱防涝立秋后往往旱情严重，8月中旬～9月中旬这一阶段0～40厘米土壤含水量要保持在田间持水量的55%以上，只有在足够的水分条件下，棉花才能正常生长发育，各项生理功能才能正常进行。无水等于无肥，且棉株产生乙烯的量大大增加，导致花、铃大量脱落和早衰。因此，若低于这个指标就要浇小水或隔行浇水，切忌大水漫灌或浸泡，做到随灌随排，保持棉田排水畅通，不出现积水尤为关键，以免影响根系的活力。同时，注意暴雨及秋雨过多对棉花的涝害，做好清沟排水工作，以保养根系，减少烂铃。
　　2.中耕松土雨后或浇水后的棉田，地面板结，通透性差，根系活力下降，可用畜力浅中耕或人工锄地（松土宜浅不宜深），以破除土壤板结，提高土壤的通透性，而且可以提高地温，促进棉花根系生长。同时结合松土，进行培土壅根，可有效地增强棉花的抗倒能力。
　　3.根外追肥充分利用叶片的吸收功能，进行叶面喷肥，以弥补根系吸收养料的不足，提高叶片的光合能力，提高成铃率、产量及品质。重施花铃肥，以满足棉花大量开花结铃对养分的需要；补施桃肥，由于抗虫棉成桃率高，需肥高峰早，对钾肥需求量多，目前已消耗了大量养分，不少棉田出现了缺肥早衰的现象。如不及时补充养分，难以实现秋桃盖顶；适时喷肥防早衰，自8月～9月上旬，每隔5～6天，喷施1%的尿素水溶液，667平方米约100千克。重点喷施于中上部叶片背面。晴天在下午4时以后喷，阴天可全天进行，切忌在气温高、光照强时喷洒，以免喷后水分蒸发过快，浓度骤增出现烧叶现象。
　　4.及时打顶、整枝棉花进入蕾期，应适当摘除第一二层果枝上4～5个早蕾，促棉花早搭丰产架，并集中坐桃；立秋前摘除顶心，能有效抑制棉花上部无效生长，改善田间通风透光条件，促进上部幼蕾正常结桃，增加秋桃数量。打顶后及时抹除赘芽。应及时整枝，促使养分向生殖生长转化，达到保幼铃增铃重的目的。摘除棉花底部无效老叶，将布满害虫的废枝叶带出棉田，挖坑深埋，以减少棉田害虫数量。
　　5.防止贪青晚熟棉花生长后期因群体过大、氮肥施用过多、过晚，棉株生长过于旺盛易导致贪青、晚熟，晚秋桃多，棉桃不能正常开裂，影响棉花品质，此时，应采用喷施乙烯利催熟。施用乙稀利时，应掌握在“寒露”至“霜降”前后、平均气温连续3天在20摄氏度以上、80%以上棉铃期达40天以上时施用。
　　6.7平方米用40%的乙烯利100～150克加水50千克喷雾。
　　6.科学治虫防病各地应根据植保站的预报，重点做好黄萎病、棉铃虫、红蜘蛛等病虫害的防治工作。棉蚜虫、棉铃虫等害虫都具有较强的抗药性，防治时注意混合用药和轮换用药。由于黄叶枯死病是一种营养不良并以缺钾为主的一种生理性病害，一般棉田缺乏有机肥、瘠薄及干旱均是此病发生的主要原因。所以防治时可采用补施钾肥及叶面喷肥的方法。