（1）盲蝽象
　　氮肥施用量过大，整枝打杈少，营养生长过旺的棉田，周围间作作物品种多或杂草多的棉田，附近有成片树林的棉田均列为棉盲蝽象防治的重点田块；连续阴雨天后及时到棉田巡查，百株成若虫达到3头时选用氟虫腈、毒死蜱、乙酰甲胺磷等对路农药防治，提倡大面积统一机防。
　　（2）棉蓟马
　　移栽前被害株率达5%，移栽后被害株率达20%时，选用啶虫脒、丁硫克百威、高含量吡虫啉等农药防治重点防治上部嫩叶背面和花。
　　（3）棉叶螨
　　有螨株率低于15%时挑治，超过15%普治。防治药剂为哒螨灵、阿维菌素、炔螨特类杀螨剂及其复配剂。
　　（4）棉铃虫
　　①生物防治。小麦、油菜收获后迟灭茬、留高茬，推迟作物离田时间，使天敌充分向棉株转移。沿江棉区棉蚜防治推迟到7月以后施药，以害养益，以益控害。
　　②化学防治。防治指标：Bt棉，二代百株低龄幼虫15－20头，三代百株低龄幼虫10－15头，四、五代百株低龄幼虫10头；非Bt棉，二代百株低龄幼虫10－15头，三代百株低龄幼虫5－10头，四、五代百株低龄幼虫10头。防治适期：Bt棉在低龄幼虫高峰期防治，非Bt棉在卵孵高峰期防治，施药时间以下午4点以后为宜。用药种类：二代选用核型多角体病毒或速效、低残留的农药品种（如灭多威）。
　　三代选用拟除虫菊酯类单剂或硫丹、辛硫磷、丙溴磷。
　　四、五代选用有机磷、氨基甲酸酯类、拟除虫菊酯类单剂或混配制剂轮换使用。转Bt棉田禁止使用Bt制剂，拟除虫菊酯类农药仅在3、4代棉铃虫发生期间使用1－2次。
　　（5）斜纹夜蛾
　　防治重点时段在7月中旬－9月中旬。防治指标为百株初孵群集幼虫1窝。防治适期在二龄幼虫分散前，选用氟铃脲、虫酰肼、毒死蜱、辛硫磷等对路农药在下午4时后施药。不同作用机理农药交替轮换使用。注意棉田外寄主如大豆、山芋等作物斜纹夜蛾的防治，减少幼虫向棉田转移。
　　（6）枯萎病
　　合理轮作，减少土壤中的病原菌积累，降低发病率。选择无病土制钵育苗，培育无病壮苗。苗床使用恶霉灵或福美双、敌克松消毒。生长期间田间初见病株时用黄腐酸盐、移栽灵、棉花枯萎净等灌根或喷雾，抑制病害发生。
　　（7）缺钾性生理病害
　　采取加强田间管理，及时抗旱排涝，合理适时施肥、施足钾肥的防治措施，根据转基因抗虫棉对钾更为敏感的特点，适当增施钾肥，确保整个生育期钾肥施用量在30公斤以上。当出现缺钾症状时，采取开沟埋施或穴施的方式每亩施用氯化钾15公斤，同时每亩喷施磷酸二氢钾0.5公斤左右，进行叶面喷施补钾。