我国为加强微生物肥料行业的管理，促进我国微生物肥料产业及应用的健康发展，成立了农业部微生物肥料监督检验测试中心，负责全国微生物肥料的登记和监督工作，1994年中华人民共和国颁布了我国第一个微生物肥料行业标准《微生物肥料》（NY227-1994），2002年颁布行业标准《有机物料腐熟剂》NY609-2002），2004年颁布行业标准《生物有机肥》（NY884-2004）和《复合微生物肥料》（NY/T798—2004），2006年颁布第一个微生物肥料国家标准《农用微生物菌剂》（GB20287-2006）等。