土壤中的具有活性的有益微生物直接参与土壤肥力的形成和发育等一系列物理化学过程，如：土壤中物质和能量的转化、腐植质的形成和分解、养分的释放、氮素的固定等等。纯自然状态下有益微生物数量不够，作用力也有限。采用“人为方式”向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的数量和整体活性，从而明显提高土壤的肥力。在植物根际施用微生物菌肥，就可以大大增加根际土壤中有益菌的数量和活性，促进土壤肥力的增强。这就是施用菌肥可以提高土壤肥力的科学原理。