1905年（清光绪31年）始设汤原县时，南岔归其管辖。

1946年（中华民国35年）南岔属汤原县第五区。

1952年12月南岔属伊春县第二区。

1955年9月12日，南岔（二区）改称南岔镇。同时浩良河镇（村级）从南岔划出，另行组建浩良河区。

1957年11月南岔镇改称南岔区，隶属伊春市。

1960年3月南岔区改称南岔人民公社。

1962年12月复称南岔区。

1964年8月17日根据伊春特区人民委员会《关于南岔区与南岔林业局合并的批示》，同年10月，南岔区与南岔林业局实行政企合一体制，隶属伊春特区和伊春林业管理局。

1968年1月27日，经伊春市革命委员会批准成立南岔区革命委员会。

1969年10月撤销浩良河区并入南岔区。

1980年4月，撤销南岔区革命委员会，成立南岔区人民政府。隶属黑龙江省伊春市。