清初，1685年（清康熙二十四年），辟建卜奎至黑龙江城驿道，于此设置额雨尔站，因从黑龙江城起为第二站，故称“二站”。“额雨尔”，蒙古语，“鱼油”之意。同时，于西南部设置库穆勒（尔）站，又称“三站”。“库穆尔”，满语，“隘口”之意。二站、三站一带是通往省城齐齐哈尔的必经之地，1900年（清光绪二十六年）“庚子俄乱”，是我爱国清军及义和团阻击侵略者的战场。中华民国成立后，属瑷珲县西乡第七区管辖，1925年划归第三区。东北沦陷后，隶属西岗子保管辖。

1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属西岗子区，1951年改隶第四区。

1956年4月，设置二站乡。

1958年9月，并入西岗子人民公社。

1965年5月，从西岗子公社划出，建立二站公社。

1984年5月，改为二站乡。 2001年3月二站乡与原北师河乡合并，组建新二站乡。两乡由原来的15个行政村撤并为现在的11个行政村、4个自然屯。乡政府驻地二站村。