汉朝以前，市境属疏勒国。汉宣帝神爵二年（公元前60年），正式归入汉朝版图。魏晋时，阿图什辖于西域长史府，隋开皇三年（公元583年），阿图什属西突厥。唐贞观二十三年（公元649年），隶属于安西都护府之疏勒都督府。唐开成五年（公元840年），回鹘等部建立喀拉汗王朝，阿图什是其领地。蒙古汗国时，阿图什属察合台汗领地。元明之际，阿图什属东察合台汗国。明代叶尔羌汗国建立，阿图什是其领域之一。清乾隆二十四年（公元1759年），清政府平定大小和卓之乱后，阿图什受喀什噶尔办事大臣管辖，阿图什庄设阿奇木伯克，管理地方事务。清光绪十年（公元1884年），阿图什辖于新疆?

民国27年（1938年）9月，阿图什设治局成立。将原属伽师县的大阿图什庄和原疏附县的小阿图什庄划归其管辖；民国32年（1943年）1月，阿图什设治局升格为丙级县，隶属喀什行政长公署；1950年3月成立阿图什县人民政府，隶属喀什专员公署；1954年7月14日，克孜勒苏柯尔克孜自治州成立，阿图什县划归其管辖，并被定为自治州首府；1986年6月，国务院批准撤销阿图什县，成立阿图什市。

阿图什市这颗塔里木盆地边缘的绿色明珠，就是阿图什人以勤劳的双手和智慧，世世代代，前仆后继，永不停歇地与天地奋斗的辉煌成果。市区位于博孜塔格山南坡，地处洪冲积平原，博古孜河从城区西缘流过，环绕城区西南东北部3面。城区依山傍水，素洁清雃。市区规划面积9.6平方公里，现建成区面积7.2平方公里，道路从原来的2条增到现在的19条，总长42公里，道路面积69.3万平方米，市区开通公交线路8条，运营里程268公里。