1913年设石砫县。以石潼关、砫蒲关二名首字而得名。县东有石砫山。

1959年改石柱县。

1983年改为自治县。

1999年3月1日，凤凰乡人民政府驻地由磨盘村迁移至高岗院村，并将大歇乡高岗院村（面积3.77平方千米，人口955人）划归凤凰乡管辖。乡级行政区域调整后，凤凰乡面积49.57平方千米，人口6817人，辖10个村委会；大歇乡面积39.36平方千米，人口18003人，辖17个村委会（渝府[1999]42号）。

石柱土家族自治县

2000年，石柱土家族自治县辖南宾、西沱、临溪、黄水4个镇；大歇、凤凰、灯盏、华丰、双庆、河坝、大河、三店、永和、下路、金彰、天泉、三树、三星、五斗、三汇、六塘、王家、河嘴、黎家、马武、黄鹤、洗新、新乐、漆辽、木坪、都会、万宝、石流、中兴、王场、黎场、沿溪、坡口、万朝、沙子、栗新、金竹、金岭、湖镇、卷店、蚕溪、中益、官田、悦来、鱼池、龙沙、桥头、三益、东木坪、冷水、枫木、洋洞、石家54个乡。　根据第五次人口普查数据：全县总人口484876人，其中：南宾镇33205人、临溪镇18453人、西沱镇12727人、黄水镇6746人、大歇乡18372人、凤凰乡6592人、灯盏乡13820人、华丰乡13348人、双庆乡12590人、河坝乡1307人、大河乡8223人、三店乡6151人、永和乡6132人、下路乡17834人、金彰乡9887人、天泉乡5961人、三星乡9515人、三树乡9860人、五斗乡3616人、三汇乡7530人、六塘乡4277人、王家乡9049人、河嘴乡11425人、黎家乡5181人、马武乡9411人、黄鹤乡3950人、洗新乡4838人、新乐乡4382人、漆辽乡1605人、木坪乡2199人、都会乡915人、万宝乡1190人、石流乡2577人、中心乡14524人、王场乡16841人、黎场乡13158人、沿溪乡11652人、坡口乡13453人、万朝乡10497人、沙子乡5472人、栗新乡3064人、金竹乡1655人、金铃乡3561人、湖镇乡3723人、蚕溪乡3345人、卷店乡2928人、中益乡4700人、官田乡3123人、悦来乡13237人、鱼池乡11427人、龙沙乡14390人、桥头乡12577人、三益乡5169人、东木坪乡6830人、冷水乡5344人、枫木乡10545人、洋洞乡1673人、石家乡9120人。

2001年7月2日，重庆市人民政府（渝府[2001]127号）批复同意石柱土家族自治县将58个乡镇调整为32个乡镇，其中撤销47个乡镇，保留11个乡，新设12个镇、9个乡。大歇、三河、三星、万朝等4个乡建镇条件暂不成熟，仍维持乡建制。调整后，乡镇平均面积由原来的51.9平方千米扩大至94.1平方千米，乡镇平均人口由调整前的8909人增至16148人。

一、撤销南宾、西沱、黄水、临溪4个镇及大歇、凤凰、灯盏、华丰、双庆、大河、三店、永和、河坝、下路、金彰、三树、三星、五斗、三汇、六塘、天泉、马武、石流、木坪、都会、万宝、黄鹤、漆辽、沙子、蚕溪、卷店、栗新、湖镇、官田、中益、东木坪、洋洞、冷水、悦来、龙沙、鱼池、黎家、中兴、王场、沿溪、坡口、万朝等43个乡。

二、保留枫木、河嘴、洗新、新乐、金铃、金竹、石家、桥头、三益、王家、黎场等11乡行政区域不变。

三、新设12个镇、9个乡

2002年7月31日，木坪乡更名为龙潭乡（渝府[2002]123号）。2002年，石柱土家族自治县辖12个镇、20个乡，11个居委会、496个村委会。年末户籍总人口51.11万人，其中非农业人口6.46万人。

2004年9月28日，冷水乡政府驻地由冷水溪迁移至菜子坝（渝府[2004]243号）。