港闸区的前身是原南通市郊区，1991年市区行政区划调整，将原

南通县（今通州区）管辖的陈桥乡、幸福乡和秦灶乡，原城区管辖的唐闸镇、天生港镇划归郊区管理，将郊区所辖的任港乡、钟秀乡、八厂乡、狼山乡划归城区管辖，经国务院批准，将郊区更名为港闸区。

1993年设立港闸经济开发区，1996年秦灶乡撤乡建镇，2001年芦泾乡并入闸西乡，港闸区辖四乡（幸福乡、陈桥乡、闸西乡、闸东乡）三镇（唐闸镇、天生港镇、秦灶镇）一个街道办事处（永兴街道办事处）和一个省级经济开发区（港闸经济开发区）。2003年，港闸区辖1个街道、3个镇、4个乡。2005年撤销天生港镇和闸西乡，以原两乡镇所辖区域设立天生港镇街道办事处，撤销唐闸镇和闸东乡，以原两乡镇所辖区域设立唐闸镇街道办事处，撤销秦灶镇设立秦灶街道办事处，2009年撤销幸福乡、陈桥乡，分别以原辖区域设立幸福街道办事处和陈桥街道办事处。

2012年5月31日，经南通市委、市政府批准成立南通市市北新城党工委、管委会。