因兴宁区的部分区域在1950年以前属南宁（邕宁县）兴宁镇管辖，故得名。古为邕州城区，1949年前为南宁兴宁镇。

1950年，南宁市城区街道由市公安局的10个派出所分别管理，兴宁区域为兴宁、明德、宁武、和平4个派出

所管辖。

1951年，南宁市划分为第四、五、六区及郊区，兴宁区域包括了第五区的大部分，第六区的一部分及郊区的小部分。

1953年，南宁市原四、五、六区改为第二、三、四区。

1953年3月15日，市民普选，1955年12月撤销第三区（今兴宁区）建制，建立兴宁、民生、解放、邕江上段、邕江下段5个街道办事处。

1958年7月，撤销街道办事处，恢复区级建制，设立兴宁区，并成立区党委。

1960年6月，改兴宁区为兴宁人民公社。

1979年3月，撤销人民公社，成立朝阳区。

1980年4月更名为兴宁区，同年5月成立兴宁区人民政府，驻解放路54号。

1997年，兴宁区面积7.2平方千米，辖2个街道：民生街道、朝阳街道。区政府驻解放路。

2001年11月15日，经国务院批准，将原南宁市郊区的安吉镇、三塘镇和上尧乡的虎邱村划归南宁市兴宁区管辖。

2002年末，兴宁区位于南宁市市区中心，延伸至市区东北部。辖朝阳、民生2个街道办事处和三塘、安吉2个镇。

2003年4月9日，兴宁区决定撤销安吉镇建制，设立两个街道办事处对原安吉镇辖区进行管理

2004年9月15日，南宁市部分行政区划：将原邕宁县的四塘、五塘、昆仑3个镇划归兴宁区管辖，兴宁区人民政府驻厢竹大道。调整后，兴宁区辖民生街道、朝阳街道、安宁街道；三塘镇、四塘镇、五塘镇、昆仑镇。

2005年，将兴宁区的民生社区划给青秀，将青秀区的望仙坡社区、金牛桥社区、长堽西社区、燕子岭社区、长堽东社区、将桥社区和官桥村划给兴宁区。

2005年6月25日，撤销四塘镇，并入三塘镇。这样兴宁区辖2个街道、3个镇：民生街道、朝阳街道、三塘镇、五塘镇、昆仑镇。