镇因驻地余家店而得名。建镇于清康熙年间，时为惠化乡。同治年间分为余家会、河清会、宋家会。

民国时设区乡，1928年属应山县西四区，1931年属第四区，1942年分为宋家乡、余界乡、徐家乡。

1947年划为正义乡，1948年称余店乡。

1949年设立余店区，下辖合作、三清、白鹤、金盘、横山、仁和、青龙、马安、黑河、界河、石门、森林、徐店、关寨、兴隆、九里、分水、莲花、天子、铁城、古井、大山等22个乡。

1953年改余店区为应山县八区。

1955年以上乡分别合并为马安、合作、界河、徐店、兴隆、天子、关庙第7个乡。

1958年改余店区为七一公社。

1961年恢复余店区（1966年改为七一区，1968年改余店区），下辖7个公社。

1975年撤区并社，分设余店、兴隆、关庙3个公社，下辖合作、马安、界河、兴隆、徐店5个管理区。

1984年设区建乡，余店区下辖西余店镇（原合作管理区）和界河、兴隆、徐店、马安四乡。

1987年撤区建乡，分为余店镇（下辖合作、马安、界河三个管理区）、兴隆乡（下辖徐店、兴隆两个管理区）。

1995年3月，由合作管理区分出余店管理区。

1996年，余店镇面积130平方千米，人口3.8万人，辖菜园、金盘、白鹤、双楼、墩子、银珠、西横山、金庄、王家冲、卢畈、古井、古城、邓畈、徐园、唐寨、黄土包、九岭、张陈塆、深冲、小山坳、苏氏祠、长河、大坡岭、凉水沟、张家桥、封江、横冲、界河、宋家岭、易家沟、回龙、森林32个行政村和界河1个居委会；兴隆乡面积89平方千米，人口2.5万人，辖姜岭、分水、李园、豹岭、杨畈、兴隆、枣林、卢庙、西九里、林寨、新庙岭、檀树岗、东岳庙、段河、关寨、杨榨、杨岭、卢河、徐家店、新塆20个行政村和兴隆居委会。>2002年12月撤销各管理区。2004年，余店镇面积130平方千米，人口40332人，镇政府驻余店，辖余店、红光、唐寨、竹林、白雀、金盘、英姿寨、银珠、双楼、横山、古城、墩子、九岭山、青龙、双河、朝阳、马安、张氏祠、界河、丰林、杨岭、五一22个行政村；兴隆乡面积109平方千米，人口26853人，乡政府驻兴隆，辖分水、李园、豹岭、兴隆、枣林、卢庙、先觉庙、九里、林寨、徐店、东方、段河、关寨、杨岭、芦河、新湾17个行政村。

2005年4月，撤销兴隆乡，并入余店镇，镇政府驻余店，辖余店1个居委会和兴隆、红光、唐寨、竹林、白雀、金盘、英姿寨、银珠、双楼、横山、古城、墩子、九岭山、青龙、双河、朝阳、马安、张氏祠、界河、丰林、杨岭、五一、分水、李园、豹岭、兴隆、枣林、卢庙、先觉庙、九里、林寨、徐店、东方、段河、关寨、杨岭、芦河、新湾38个行政村。余店片辖余店、金盘、卢畈、白雀、王家冲、唐寨6个村；马安片辖双河、青龙、马安、九岭山、小山坳5个村；界河片辖宋家岭、张氏祠、界河、五一、丰林5个村；合作片辖银珠、横山、双楼、墩子、古城、英姿寨6个村；兴隆片辖分水、李园、枣林、豹子岭、兴隆街、兴隆、芦庙、九里、林寨9个村；徐店片辖新湾、段河、徐店、卢河、关寨、东方、杨岭、先觉庙8个村。