据《史记》和《水经注》记载，上古时期，嵊泗地为南蛮、东夷其中岛夷之地。

春秋、战国时，为越国东境句章县海中洲（亦称甬东或甬句东）。今嵊泗县为当时海中洲的一部分。

战国后期，楚灭越置江东郡，为楚国江东郡句（读“gou”）章县地。

公元前221年，秦统一六国，遂分天下为三十六郡。嵊泗地属会稽郡贸县。

楚汉之际，属西楚霸王项羽封地之东楚会稽郡贸县。

西汉高祖刘邦分封异姓诸侯王后，属楚王韩信封地之会稽郡贸县。削平异姓诸侯王、分封同姓诸侯王后，嵊泗地域，先为荆王刘贾荆国之地，后为吴王刘濞吴国之地，均属会稽郡贸县。景帝三年（前154），平定吴楚七国之乱，吴王刘濞受诛，遂属江都王刘非封地之会稽郡贸县。元封五年（前106），分天下为十三州刺史部。嵊泗地属扬州刺史部会稽郡贸县。

据《汉书。地理志》，新莽时改贸为海治。

东汉时，仍属扬州刺史部会稽郡贸县。

三国时，属吴国扬州会稽郡贸县。

晋因袭东汉州制。西晋初至东晋太宁二年（265--324），嵊泗属扬州会稽郡贸阝县。太宁二年，改会稽郡为会稽国。

东晋隆安三年至元兴元年（399--402），孙恩率领20余万起义军，曾一度占据贸阝县诸岛（今嵊泗列岛和舟山群岛）。

南朝宋时，属扬州（或东扬州）会稽郡贸县；齐时，属扬州会稽郡贸县；梁时，与宋同；陈时，属东扬州会稽郡余姚县。

隋文帝平陈后，置吴州总管府，嵊泗地属吴州总管府句章县。大业元年（605），属越州句章县，大业三年，改越州为会稽郡。

唐武德四年（621）平李子通，置越州总管（府）和鄞州，不设县。嵊泗县地属越州总管（府）鄞州。武德八年，属越州都督（府）越州、县。贞观元年（627），分天下为十道。嵊泗地属江南道越州贸阝县。开元二十一年（733），增至十五道，遂属江南东道。开元二十六年，于贸阝县置明州并析翁山县，嵊泗地属明州翁山县。天宝元年（742），改明州为余姚郡。乾元元年（758），置浙江东道节度使，郡复为州，遂属浙江东道明州。大历六年（771），因“袁晁之乱”废翁山县，属贸县。

五代梁开平三年（909），贸县复析翁山县，嵊泗地属吴越国明州翁山县。

北宋太平兴国三年（978），吴越国纳土归宋，翁山县复废。嵊泗地属明州鄞县。淳化四年（993），分天下州县为十道。嵊泗地属浙东道。至道、天圣、元丰年间，嵊泗地域均属两浙路。熙宁六年（1073），析鄞县地置昌国县，遂属昌国县。

南宋绍兴元年（1131），两浙分东、西路。嵊泗地属两浙东路。绐熙五年（1194），升明州为庆元府。

元朝至元二十一至二十七年（1248?1290），属江浙等处行中收省浙东道宣慰司庆元路昌国州昌国县。

明初，因袭元行省制，后改行省为布政使司。洪武二年（1369），嵊泗地属江浙等处行中书省明州府昌国县。洪武十四年，改明州为宁波。洪武二十年，昌国县废，迁其民于内地，夷县为中中、中左两千户所。嵊泗地域，属浙江承宣布政使司宁波府定海县（即今镇海）。洪武二十九年，于布政使司下设浙东道，管辖所属府、县。据《明史·职官志》，今嵊泗县境明时属宁绐分巡道。

清初因袭明制。嵊泗地属浙江承宣布政使司宁绐道宁波府定海县（今镇海）。寻改属闽浙总督浙江省（巡抚）宁绍台道。不久废闽浙总督而设浙江总督。康熙二十七年（1688），于舟山置定海县。嵊泗地属定海县。康熙二十九年，分定江、浙洋汛。嵊泗地域划归江苏省（布政使司）苏松太道苏州府太仓州崇明县。雍正二年（1742），升太仓为直隶州。

民国元年至5年（1912-1916），属江苏省崇明县。

民国5年，在清苏松太道的基础上，设沪海道尹于上海。

民国5-7年，属江苏省沪海道崇明县。

民国7年，沪海道废，由江苏省水上第一警察厅负责崇明县外海诸岛的治安和防务，行政上属崇明县。

民国23年3月，崇明县于嵊泗列岛设第五区。

“八。一三”淞沪事变前，为侵华日本海军舟山基地司令部占领。汪伪政权划为浙江省定海县之第十区（亦称嵊泗特别区）。

抗战胜利后，与战前同。

民国35年11月，改崇明县第五区为江苏省直属区。

民国36年9月，改直属区为设治局。

民国37年10月，设治局改由海军管辖。

1949年10月，置嵊泗县，属由大陆流亡本县枸杞岛的江苏省政府管辖。

1950年7月，嵊泗解放，设特区和军管会，属苏南松江专区。

1951年3月，特区和军管会均撤销，复置县。隶属不变。

1952年，苏南、苏北行政区合并为江苏省，嵊泗县属江苏省松江专区。

1953年6月，嵊泗县划归浙江省舟山专区。

1958年10月，舟山专员公署和嵊泗县均撤销，遂为宁波专区舟山县嵊泗人民公社。

1960年11月-1962年4月，嵊泗人民公社划归上海市。

1962年4月，恢复县建制，嵊泗县仍归浙江省舟山专区。

1970年4月，改舟山专区为舟山地区，嵊泗县属舟山地区。

1987年3月，改舟山地区为舟山市，嵊泗县属舟山市。