1988年4月1日，撤销日照市日照镇、岚山头镇，分别以原镇的行政区域设立日照、岚山头2个街道办事处。

1992年12月19日，设立日照市前三岛乡，隶属日照市东港区，辖平岛、达山岛、车牛山岛。

1995年11月30日，撤销东港区丝山乡，设立秦楼街道办事处。

1996年5月24日，撤销东港区河山乡、西湖乡，设立河山镇、西湖镇。

2000年，东港区辖5个街道、13个镇、5个乡：日照街道、石臼街道、奎山街道、秦楼街道、岚山头街道、汾水镇、碑廓镇、西湖镇、河山镇、三庄镇、巨峰镇、后村镇、两城镇、陈疃镇、南湖镇、高兴镇、涛雒镇、黄墩镇、大坡乡、尹家河乡、竖旗山乡、虎山乡、前三岛乡。

2000年12月27日，东港区撤销竖旗山乡，将其行政区域并入三庄镇；撤销尹家河乡，将其行政区域并入南湖镇；撤销大坡乡，将其行政区域并入巨峰镇；撤销汾水镇，以原汾水镇的行政区域设立安东卫街道办事处，办事处机关驻原汾水镇人民政府驻地。

2004年9月9日国务院批准：将东港区的岚山头、安东卫2个街道和虎山、碑廓、黄墩、后村、高兴、巨峰6个镇划归岚山区管辖。

2012年7月3日，后村镇重新划归东港区管辖。

2014年1月9日山东省人民政府同意调整岚山区后村镇划归东港区管辖。