马庄镇以驻地村命名。相传明代永乐年间，官军剿灭清泉寺和尚时，在此处水汪内饮过马，即按此取名饮马庄，后改称为马庄。

1928年后，曾为区、乡、公社驻地，1945年隶属费县二区，1958年春撤区成立马庄乡，同年秋成立马庄公社，同年冬改为马庄区，1971年6月又称马庄人民公社，1985年建镇。马庄镇历史悠久，地灵人杰。系许由故里，乃革命老区，有“二郎劈山救母”的美丽传说，有汉武帝刘秀卸甲睡觉的地方，费县抗日大队遗址就在光山头村。