宁江区历史悠久，源远流长。区内长岗子青铜文化遗址、伯都讷辽金古城遗址保存完好，而且出土了大量明清瓷器，证明了宁江历史文化与中原历史文化的血脉联系。

据史志记载，在西汉时期，这里是古老的岁貊人建立的中国东北地区第一个少数民族部落国家--夫余国的属地。

南北朝时，勿吉人灭夫余国，此地属勿吉。

隋朝时，属伯咄部。

唐代宋朝，为渤海国扶余府。

辽时设宁江州，今区名宁江就源于此。

金时，分属会宁府会宁县和隆州府利涉县。

明朝后期先后属女真塔山左卫和科尔沁蒙古。

后金立国后，复为满族(女真后代)所辖，在此立官军队称伯都讷站，后被誉为满族发祥地。

清康熙年间设伯都讷副都统，嘉庆年间置伯都讷厅，光绪年间，厅升府，更名为新城府。

民国成立后，1913年改为新城县。

1914年改称扶余县沿用至建国后。

1987年11月撤县建扶余市。

1992年6月成立松原市，此地改为扶余区。

1995年10月，恢复扶余县，县政府移至三岔河镇，

1995年12月12日经国务院批准由松原市委、市政府宣布成立宁江区。当时辖8个乡镇、13个街道、82个行政村。

2005年，撤乡并镇后，有5个乡镇。