旗津区旧名“旗后”，系因聚落位於旗山之後而得名，是高雄港的发源地，也

是高雄市发展最早的地区。明末清初，就有许多来自中国的船只停泊。

在1860年中英《北京条约》后，旗后正式开港通商，万帆聚集，成为高雄的首善之区，清廷于1862年在此设立旗后海关分关。

1898年，日本在此设立高雄第一所学校－打狗公学校(今旗津国小)。

1909年设打狗区役场于旗后，但在1920年设立高雄街后，区役场被迁往哨船头。

1925年，日本取“旗鼓堂皇，津粱永固”之义，改地名为“旗津”，战后改设高雄市旗津区。原本和南端小港区相连，但是因为要盖高雄港第二港口，所以就被炸断了。

1979年高雄市升格为直辖市，并将东沙岛及南沙太平岛划归旗津区管辖。

1984年5月，高雄过港隧道通车，使旗津的对外交通大为改善。

1967年，为开中洲岛辟高雄港第二港口，将旗津与台湾相连的沙嘴切割，使得旗津再度成为沙洲离岛。