官田区旧称“官佃”。荷治时期，此地属于“王田”，即政府田地。明郑时期改王田为“官田”，将土地交由文武百官招募佃农屯垦，其中以陈永华一族承佃最多，逐渐形成汉人聚落，故称“官佃”。

清领时期此地属“官佃庄”，日治时代1920年改称为“官田庄”，属台南州曾文郡管辖，庄役场位于官田（后之官田村）。战后改为台南县官田乡，1953年将乡治由官田村迁往隆田村（旧名番子田）。2010年12月25日改称官田区。

官田区较之其他行政区的独特之处，在于其难得地拥有丰厚的史前文化，在三千年前即有人类活动的区域，却是近一百年才于日治时代确立了今日官田区的疆域。官田区的区政虽年轻，人民与土地的历史却可溯源甚古。