北小营镇在明代顺义县划13个社或12个里时，是为佃子社、城子社、或佃子里、城子里。清代分10路属时，为东北路属。

民国初期为顺义第八区，1949年属顺义第三区，1956年撤区并乡，为北小营乡。

1958年9月8日设人民公社时，属木林人民公社，1961年5月，划为北小营人民公社，1978年2月撤消马坊公社，西南部并入北小营公社，1983年公社改乡，1990年2月改乡为镇，沿袭至今。