清代，属黑龙江将军齐齐哈尔副都统辖区。

民国时期，属黑龙江省龙江道。东北沦陷后，1933年3月，伪满洲国始设阿荣旗，伪阿荣旗公署驻红花梁子。

1941年，伪阿荣旗公署迁至那吉屯（今那吉镇），隶属伪满洲国兴安东分省行署管辖。

1934年12月，伪满洲国将兴安东分省升格为兴安东省，伪阿荣旗公署属伪满洲国兴安东省行署管辖。

1943年10月，伪满洲国兴安东省被撤消，改设兴安东地区，伪阿荣旗公署属伪满洲国兴安东地区行署管辖。

1945年8月，阿荣旗获得解放，隶属兴安省纳文慕仁盟。

1946年6月，中共阿荣旗工作委员会成立。

1947年11月，首届阿荣旗农工牧猎联合代表会议在那吉屯召开，阿荣旗人民政府正式成立，阿荣旗隶属纳文慕仁盟管辖。

1949年4月，纳文慕仁盟与呼伦贝尔盟合并称呼伦贝尔纳文慕仁盟（简称呼纳盟），阿荣旗隶属呼纳盟管辖。

中华人民共和国成立后，1954年30日，呼纳盟被撤消，合并成立呼伦贝尔盟，阿荣旗隶属内蒙古自治区呼伦贝尔盟管辖。

1969年7月，呼伦贝尔盟划归黑龙江省，阿荣旗隶属黑龙江省呼伦贝尔盟管辖。

1979年7月，呼伦贝尔盟由黑龙江省划归内蒙古自治区，阿荣旗隶属内蒙古自治区呼伦贝尔盟管辖。2001年10月10日，国务院批准撤销呼伦贝尔盟设立地级呼伦贝尔市，阿荣旗隶属内蒙古自治区呼伦贝尔市管辖。