宝兴县距今四千多年春秋战国时为青衣羌国所在地，居住着青衣羌人。

秦汉时汉人移入，设青衣县，属蜀郡。

唐宋之际，称羁縻州地，隶属雅州都督府。

元末始称董卜，开始引入喇嘛教，青衣羌人转公为蕃民，隶属吐蕃宣慰司，土酋统治并归附朝廷。

清朝乾隆年间更名为穆坪。

民国十七年（1928年）土改归流，民国十九年（1930年）建县。因当地矿产丰富，取《礼记·中庸》“今夫山，一卷石之多及其广大，草木生云，禽兽居之，宝藏兴焉”之意而命名为宝兴。

民国二十四年（1935年），中国工农红军长征经过宝兴，于十月建立宝兴苏维埃政权。

民国二十八年（1939年），西康建省，宝兴隶属西康省第2行政督察区直至解放。

1950年5月15日，宝兴解放。

1952年中华人民共和国中央人民政府撤销川东、川西、川南、川北行署区，恢复四川省建制。

1951年，第2行政督察区改称雅安专署，宝兴属雅安专署。

1955年，撤销西康省，金沙江以东划归四川省，宝兴属四川省雅安专署。

1981年，雅安专署改称雅安地区，宝兴属雅安地区。2000年，雅安撤地设市，宝兴隶属雅安市。