西汉时，大将韩信先现驻军贞元的铺邑村，人们给此时取名大韩店；后驻军贞元镇街道，人们取名小韩店。唐贞观元年，李世民回武功，途径西伊店村的乾元寺，在此上香拜佛。之后人们将小韩店改名贞元，沿用至今。

1949年5月设立贞元乡，1958年10月改称贞元人民公社，1984年5月改称贞元乡，1998年3月撤乡建镇，成立贞元镇人民政府，总面积40平方公里。2011年7月，撤销代家乡，并入贞元镇，辖19个行政村，53个自然村，耕地面积4.58万亩，14937户37439人。下设代家三农发展服务中心。

境内的余村遗址，为汉、唐、宋时期文化遗存。地面上散布有大量板瓦和器物残片，暴露有文化层堆积、陶窑、陶器生活用品。

清代教育家孙景烈的故里。