夏商时期，境内置小诸侯国（今鹿邑县太清宫镇）始称“厉（Lài）”，属豫州。此乃鹿邑县有史记载的设城建置之始，距今已有4000余年。此设置一直延续至西周。

公元前770年，周平王迁都洛邑，历史进入春秋战国时期，一度名相和鸣鹿（今鹿邑县辛集镇），均属豫州陈国。公 元前 571年，周敬王42年7月（前478年），楚惠王灭陈，苦又属楚。秦时，苦县属豫州陈国。

西汉，苦县属兖州淮阳国。新莽时期改苦为赖陵，建武元年（公元25年）光武帝改赖陵复苦县。建安元年（公元196年）献帝封曹操为武平侯，食邑于此，属豫州陈国。现鹿邑县境内还存有三国曹魏修建的武平城（今鹿邑县邱集乡武平城村）及观武台（今鹿邑县玄武镇）遗址。

晋咸康三年（公元337年），改苦为父阳和武平属陈留郡。南北朝孝明帝正光年间改父阳为谷阳，属陈留郡。

隋，谷阳属豫州谯郡。开皇十六年（公元596年）更武平为鹿邑，并移治今试量镇属淮阳郡。大业十三年（公元617年）农民军田黑社占据鹿邑，改鹿邑为涡州。

唐，武德三年（公元620年）田黑社败，更涡州复名鹿邑。

宋，大中祥符七年（公元1014年）改真源为卫真和鹿邑同属淮南东路亳州辖。

元，至元二年（公元1265年），鹿邑、卫真两县合并，取名鹿邑，治所设置在今县城，属河南江北行省归德府亳州。从此，县名始一，境域至

亦无大变化。

明清时期，鹿邑均隶属河南归德。

民国时期先后属开封、商丘、淮阳等专区。

中华人民共和国成立后，鹿邑县的行政隶属关系和行政区划设置，有过几次较大的变动和调整。建国初期，鹿邑县先后属淮阳、商丘、开封、周口等专区。

1968年6月属周口地区。2000年6月至今，国务院批准周口撤地设市，鹿邑从之。

2014年1月1日，鹿邑晋升为省直管县，由河南省政府全面管辖。