港北区历史悠久，秦始皇帝三十三年(公元前214年)设布山县，属桂林郡，郡治在今港北区。秦末，更名郁州，汉至南北朝宋、齐时代属郁林郡。公元558年至589年属南定州。

隋开南定州改尹州，故属尹州。大业二年称郁林县，与马度县同属广州。唐贞观九年(公元635年)改属贵州，五代十国时期属贵州。

宋开宝五年与怀泽、义山、潮水、郁平并称郁林县，属贵州怀泽郡，元代撤怀泽郡，复属贵州，明洪武二年降贵州为贵县，属浔州府。清代，仍称贵县，属广西行省浔州府。

民国1912年贵县属浔州府，1914年贵县属苍梧道，1932年改属梧州民团区，1947年至1949年改属第九行政督察区，中华人民共和国成立后，贵县初属郁林专区，1951年7月属南宁专区，同年8月属宾阳专区。

1952年8月属容县专区。

1958年7月属郁林专区。

1971年专区改为地区，贵县属玉林地区。

1988年12月港北区随贵县撤县改市，港北区属贵港市，1995年10月经国务院批准升格为地级市，新分出港北区、港南区、覃塘区，港北区是随地级贵港市成立而设立的一个县级行政区，于1996年6月24日正式挂牌成立。

2000年，港北区辖10个镇、9个乡。2003年3月6日，国务院批准：将港北区的覃塘镇、黄练镇、东龙镇、三里镇、五里镇、石卡镇、蒙公乡、山北乡、古樟乡、振南乡、大岭乡划归覃塘管理区管辖。2005年撤销贵城镇，设立贵城街道。