花荄唐时为益昌县，县址在县城东南观斗山。永和三年（公元347年），侨置益昌县（四川安县花荄镇联丰村观斗山），属巴西郡。南梁武陵王天正元年（公元552年），益昌、晋兴县属梓潼郡。北周天和六年（公元571年），改属万安郡。隋开皇三年（公元583年），益昌县撤销并入金山县。花荄镇是秦并天下时花衡芝将军带兵在此征战，安营扎寨，并以当地盛产的青花石修建长500多米的街道。后人为纪念花衡芝将军，以青花石修建的街道谓之“花街”。因“街”字欠雅，本地绅士根据《汉书》“清阳浮动，根荄以遂”之句，取其“春风和煦，草木萌动”之意，以同音字更“街”为“荄”，后称“花荄镇”。

2000年5月26日，民政部批复：经国务院批准，同意将安县人民政府驻地由安昌镇迁至花荄镇。2002年4月，安县县城正式由安昌镇迁至花荄镇。

2016年3月，《国务院关于同意四川省调整绵阳市部分行政区划的批复》（国函〔2016〕57号）：同意撤销安县，设立绵阳市安州区，以原安县的行政区域为安州区的行政区域，安州区人民政府驻花荄镇银河大道8号。