金门自古属福建泉州府同安县所辖，民国四年（公元1915年）始创县治。金门一地在同安县的历史有着重要地位，有“无金不成银”、“无金不成铜”的俗谚。

金门县清代及以前

汉族人对金门的开发依据可考的史料始于晋代。根据清代《金门志》的记载，晋代共有苏、陈、吴、蔡、吕、颜六姓家族因躲避战祸移居金门。

唐朝贞元十九年（803年），朝廷在泉州设置五个牧马场，浯洲为其中之一，陈渊任牧马监，此为金门岛上设置行政机构之始。蔡、许、翁、李、张、黄、王、吕、刘、洪、林、萧十二姓随陈渊入岛开垦，陈渊因此而被尊为“开浯恩主”。

金门（旧称浯洲）因产盐，历经五代十国闽王王审知及元明清等朝开发后，

造就金门东半岛上之金沙湾周围盐埕林立。

元朝统治时期（1343年-1368年），中央为求实质统治，遂于浯洲凤翔里十七都后学村（今沙美），设置浯洲盐场司（官职从七品官，在今金沙国中至东埔及荣光新村一带）及浯洲书院（现今之沙美菜市场），沙美因处金沙湾与汶水溪及金沙溪交汇处。在元代，系为金门地区最高行政机关浯洲盐场司与浯洲书院之旧址（元朝浯洲盐场司马阙司令兴建）。过往的金沙地区更是金门地区居住人口与风狮爷最为稠密的地方（金门全岛共64尊风狮爷，金沙镇则高达39尊、沙美有3尊）。

元朝时，中国沿海各地与国外交流密集，故当时的沙美（后学村），因位处金沙湾、浯洲盐场司、浯洲书院（明代为金山书院）、官镇埕、永安埕、浦头埕、沙美埕等盐埕边缘，除了岛民、盐工与书生众多及船运便利之外，区域内更是政商云集。后学街（今之沙美老街），在此诸多有利之条件下，遂循着人类发展的脉络与历史轨迹，便自然而然的形成商业与贸易市集。从元朝统治以来，一直是金门东半岛的政经中心与文化重镇，迨自中华民国肇建初朝，金沙依然是金门地区的经济中心，民国时期的金沙湾金沙港，更是金门地区与中国大陆莲河通航金星轮的港埠。更是国民政府（国军）登陆金门的地方，一度还是

金东守备师及青年军战车连的驻扎地。金门以一小岛，却出过四十三名进士，其中文进士四十人，武进士三人，实属不易。

明朝洪武二十年（公元1387年），明太祖朱元璋令江夏侯周德兴经略福建沿海，共设五卫十二所。金门守御千户所为十二所之一，明兵部称呼金门是“中左所”，下辖峰上、管澳、田浦、陈坑四个巡检司，后又增设烈屿巡检司。因金门固守福建东南海口，取“固若金汤，雄镇海门”之意而得名金门。

南明时期，金门由郑成功政权实际控制。清康熙三年、南明永历十八年（1664年）清军攻占金门后，曾采取迁界措施，强制居民迁至海岸线30华里外，岛上人烟无存。康熙十三年、永历二十八年（1674年）至康熙十八年、永历三十三年（1679年），郑氏政权复占金门，并以此作为对中国内陆进行军事行动的前进基地。康熙十九年、永历三十四年（1680年）清军二度攻占金门后，沿袭旧制隶属于福建省同安县（今福建省厦门市同安区），康熙二十二年、永历三十七年（1683年）清军攻占台湾后实施复界，因迁界离开的居民陆续返回原籍。

金门县民国时期

民国元年（1912年）4月18日，厦门军政府参事会派代表向福建都督府请愿获准，

厦门与金门一同从同安县独立设置为思明县，同年9月18日思明县升格为思明府，直到民国二年（1913年）3月30日又废府改为思明县。

民国三年（1914年）清代地方区划制度废除，厦门自同安县独立分置思明县（今厦门市），金门划归思明县管辖。福建巡按使许世英咨陈北洋政府内政部，派左树燮为金门筹办设治委员，于同年7月奉准后将金门地区（大、小金门与大、小嶝等岛）从思明县独立出来设置金门县，归厦门道管辖，乃二等县治。

民国四年（1915年）4月9日，奉批令正式成立金门县，设县知事，改县丞署为县公署。辖境包括大、小金门，大、小嶝岛及周边岛屿，分为六都、十保、一百六十六乡。

民国二十二年（1933年）福建事变发生后一度由中华共和国所据，划为泉海省（后改称兴泉省）。

民国二十四年（1935年）改为4区32联保；民国二十五年（1936年）重新整编为3区12联保。

民国二十六年（1937年）抗日战争时期日军占领金门，金门县政府迁至大嶝乡上租借民房办公。

民国三十四年（1945年）第二次世界大战结束后，中华民国收回金门，设二镇四乡；民国三十五年（1946）年变更为二镇二乡。

民国三十八年（1949年）初，全县改为金城、沙美、烈屿、大嶝四区区公所。

金门县1949年至今

中华人民共和国成立后，1949年10月，中国共产党领导的中国人民解放军进占福建沿海，并攻克金门县的大嶝乡所属的大嶝岛、小嶝岛及附近岛屿，改设大嶝区，委托由南安县（今南安市）代管

，任命陈亦东为中华人民共和国金门县第一任县长。金门县其余主体部分则仍由台湾国民党当局控制并持续至今。自此金门县一度出现了两个县长并存的局面。

古宁头战役后，台湾当局于同年（1949年）11月暂停金门县治，撤销金门县政府，改设金门军管区行政公署，台当局所控制的金门主体全境进入“军管时期”。

将金门主体全境划分为金东、金西、烈屿三个军管区，各设民政处管辖地方行政，下辖城厢区、金城区、金盘区、沧湖区、碧湖区、金沙区、烈屿区、古宁区、琼浦区等九个区公所。

1950年3月，金东、金西、烈屿三个军管区的民政处合并为“金门军管区行政公署”。

1951年7月分设金城、金宁、金湖、金沙、烈屿五个行政区。同年12月增设金山行政区。

1953年2月，台当局结束军管制度，

改实施军政一元化的“战地政务体制”，恢复县治，重新成立金门县政府。

原金门军管区行政公署各行政区改为乡镇，成立三镇三乡，但地方行政的决策与指挥监督由金门防卫司令部下设的“政务委员会”负责，以军领政。

1953年12月，中共晋江专区委员会决定，由梁新民任金门县长兼南安县副县长，为中国大陆第二任也是最后一任金门县县长，刘基固任中共金门县工作委员会书记。

1954年6月，台当局在其控制的莆田县乌丘屿设置乌丘乡（乌丘村），由于莆田县主体已全部由中国大陆统治，故指定暂由金门县代管，此时金门县辖金城镇、金沙镇、金宁乡、金湖乡、金山乡、烈屿乡、乌丘乡（乌丘村）等二镇五乡。

1955年5月，福建省人民政府正式宣布成立金门县人民政府，但事实上是个空架子，由于时任县长梁新民兼任南安县副县长，故办公地点就设在南安县人民政府大院内。实际仅有效管辖中国大陆所控制的金门县大嶝区（原大嶝乡），包括大嶝岛、小嶝岛及附近岛屿。自此一度出现了国共双方两个”金门县政府“对峙并存的局面。而中华人民共和国的金门县县长梁新民，终其一生也未踏入过金门本岛。

1958年8月23日至10月5日，中华人民共和国为声援中东人民的反侵略斗争，与台湾当局在金门爆发“八二三炮战”。后中国大陆放弃封锁，宣布改采“单打双不打”的方针，逐渐减少攻势。直到1979年美国与中华人民共和国建交，中国大陆发表《停止炮击大、小金门等岛屿的声明》，历时21年的金门炮战才正式划上句号。

1958年底，中国大陆将大嶝区改为大嶝人民公社。

1959年台当局增设金琼乡，并改金湖乡为金湖镇。

1965年9月撤销金山乡和金琼乡。

1971年1月，中国大陆将实际控制管辖的金门县大嶝人民公社（原大嶝区）正式划归晋江地区同安县（今同安区和翔安区）管辖。

1980年1月，中国大陆将金门县划归晋江地区（原晋江专区）管辖。

1986年1月后归泉州市管辖至今，实际并未实际控制而真正管辖。

1991年05月01日，台当局废除“《动员戡乱时期临时条款》”，但金门县因为仍属战地，进入临时戒严。

1992年11月07日，随着两岸关系趋向和缓，加上台湾各界力促金马地区解除戒严，台当局“国防部”宣布金门县解除戒严，正式结束长达43年之久的戒严与实施36年的战地政务实验。

1995年10月18日，台湾方面成立“金门国家公园”，成为台湾地区第六座“国家公园”，是台湾地区首座位于离岛的“国家公园”，也是台湾地区首座以维护历史文化资产、战役纪念为主，并兼具自然资源的“国家公园”。

2004年02月03日，海峡两岸启动金门—厦门航海线，开始“小三通”。

2010年09月26日，据台湾《联合报》报道，有台湾记者在Google地图上查询金门时，发现地图标注其为“中华人民共和国福建省泉州市金门县人民政府”。金门县政府表示，将向Google网站反映，要求“尽快更正”。

2013年05月23日，金门县政府委托美国Aecom公司与日月辰工程顾问公司规划“金门概念性总体规划案”，预计花费近两年时间完成。

2015年01月01日起，大陆游客到金门进行观光旅游正式开放“落地签”。只要是开放了赴台个人游城市的大陆居民都可以通过“小三通”的方式，赴金门旅游，入境后申请“临时停留许可”，即所谓“落地签证”，每人次新台币600元(约合人民币120元)，“落地签”入境停留时间为15日。

经过长达20年努力，2015年07月20日，金门自大陆引水项目成功签约，金门县自来水厂与福建省供水公司在金门金湖大饭店举行了购（供）水契约签约仪式。契约签订期限为30年，总经费13.5亿元新台币，由台当局补助85%，地方支付15%。未来金门县自来水厂向大陆购水量为前3年每日1.5万吨、第4至6年每日2万吨、第7至9年每日2.5万吨、第10年以后每日3.4万吨。