因搜登（蒐登）河而得名。搜登，满语意为水草丰盛之意，一说是鳌花鱼的名，此河盛产鳌花鱼。唐属渤海国凉州，宋属吉国粟末部，元属咸府，明嘉靖年间属乌拉国。清康熙三十年（1691年）在此设立驿站。清雍正九年（1731年）建屯，因屯西搜登河，以及驿站，取名搜登站。

1948年3月，搜登站解放，归永吉县管辖。

1949年置区，1956年设乡，1958年（一说1961年4月）改公社。

1984年1月为搜登站乡、太平乡，1995年7月搜登站撤乡建镇。位于永吉县中西部。

1997年，搜登站镇面积189平方千米，人口3.2万，辖德胜、林家桥、二道沟、蒐登站、王家屯、张花岭、蒐登河、五里桥、永安、下洼子、刘磨坊、刘家屯、杨树、长安、柏树、三合、鲜兴、纪家、半拉山、高家店、梨树沟、长桥子、高家23个行政村和按序数命名的3个居委会；太平乡面积107平方千米，人口1.8万，辖腰堡、何家、高家、二官、三官、莲花泡、赵家岭、大桥、河崴子、左家、太平、赵家油房12个行政村。2000年1月，搜登站镇、太平乡划归船营区管辖。2005年10月中旬，撤销太平乡并入搜登站镇。全镇面积297.8平方千米，镇区面积4.5平方千米，辖35个行政村，299个社，总人口51798人（统计时间不详），其中农业人口47477人。