瑞安为东瓯古邑。最早于新石器晚期，飞云江下游两岸已有先民繁衍生息，建立聚落。夏、商、西周、春秋为扬州之域瓯地。其后受时局变化，朝代更迭，行政隶属随变。

三国吴赤乌二年（239），析永宁县大罗山（泉山）南境置罗阳县，治北湖鲁岙（西岙、河埭桥一带），为瑞安建县之始。属会稽郡。

太平二年（257），罗阳县属临海郡。

宝鼎三年（259），改罗阳县为安阳县。

西晋太康元年（280），改安阳县为安固县。

太康四年（283），析安固县境南横屿船屯及其南境为始阳县（今平阳县，外含苍南县全境和泰顺县、文成县一部）。

东晋太宁元年（323），安固县治迁邵公屿。

隋开皇九年（589），省横阳入安固县，县属之。

开皇十二年（592），省安固县入永嘉县。

武德五年（622），以永嘉县置东嘉州，析永嘉县置安固、横阳等4县。

贞观元年（627），省横阳入安固。

大足元年（701），复析安固县置横阳县。

唐天复二年（902，一作天复三年），安固县改瑞安县。

南宋咸淳元年（1265），改温州为瑞安府，统瑞安县。

元至元十三年（1276），两浙东路改江淮行省，瑞安府改为温州路，县属之。

元贞元年（1295），以瑞安县超五万户升州。

明洪武二年，降瑞安州为县。

景泰三年（1452），置泰顺县，割瑞安义翔乡5都12里属之。

中华民国35年置文成县，析瑞安西部大峃、龙凤、金樟、峃口等10乡属之。

1949年，瑞安解放；5月14日，成立瑞安县人民政府筹备委员会；9月5日，瑞安县人民政府正式成立。

1955年10月，改瑞安县人民政府为瑞安县人民委员会。

1955～1957年，北麂、北龙二乡曾—度划属洞头县。

1958年10月14日，文成县并入瑞安县。

1961年8月10日（上级发文时间），文成县从瑞安县内析出。

1958年县人民委员会（县人民政府）迁到仓前街134号。

1969年1月，改瑞安县人民委员会为瑞安县革命委员会。

1980年6月，撤瑞安县革委员会复置瑞安县人民政府。

1987年4月15日（国务院文件4月15日下达，7月1日召开撤县设市庆祝会，全市即日启用新印鉴）撤县设市（县级），置瑞安市人民政府，管辖范围不变。

1949—1996年，瑞安市（县）先后隶属温州军事管制委员会、浙江省第五专区、浙江省温州专区、浙江省温州地区革命委员会、浙江省温州地区、浙江省温州市人民政府。

1999年1月，市人民政府从仓前街搬迁到安阳新区新市政大院办公。

2001年仙岩镇、丽岙镇划属温州市瓯海区，塘下镇的梅头办事处划属温州市龙湾区。