明朝初年因有鲁姓迁居此土垛定居而得名。鲁垛镇多数村庄名以姓氏加林、垛、墩、家组合而成。明代朱应辰《东湖典》诗云：“提壶荡两浆，酒伴相经过。指顾陶家林，来从鲁家垛。”鲁垛属苏中革命老区，1942年属宝应县抗日民主政府大望区，1944年春，设鲁庄区，区公所设鲁垛集镇。

1946年改为陶林区。

1957年撤区复建鲁垛乡，1958年成立獐狮荡人民公社，1961年析出建鲁垛公社。

1983年撤销人民公社复建鲁垛乡。

1993年12月，撤乡建鲁垛镇。