衢州市历史悠久，源远流长。据辖区内柯城区、衢江区、龙游、江山、常山、开化等地出土的石斧、石锛、石刀、石矛等证明，远在新石器时代（约前6000年），祖先就在这块土地上依山傍水，凭藉天然丰厚资源衢州柑橘的种植而繁衍生息。

衢州有据可查的历史约在前1800年。

战国：春秋初为姑篾国，后为越国姑蔑之地，战国时属楚。

秦朝：秦王政二十五年（前222），灭楚，平定江南，于吴越之地置会稽郡，今衢州属会稽郡之太末县（一作大末）。

汉朝：西汉高祖六年（前201），为荆王国地。十二年（前195），吴国地。景帝四年（前153），诛吴王刘濞，复属会稽郡。

东汉初平三年（192），分太末县置新安县。为衢县建县之始，仍属会稽郡。建安二十三年（218），析新安县置定阳县。

三国：吴国宝鼎元年（226），新安县改属东阳郡。

晋朝：晋太康元年（280），因与弘农郡新安县同名，改新安为信安，因信安溪得名，一说溪以县得名，仍隶东阳郡。

南朝：宋、齐、梁三代，信安县隶属不变；陈永定三年（559），置信安郡，领信安、定阳2县，隶缙州。

隋朝：隋大业三年（607），太末、定阳2县并入信安，隶东阳郡。

唐朝：唐武德四年（621），分婺州于信安置衢州，并分置须江（江山）、定阳（常山）2县，衢州州名始于此，以路通三越而得名，信安遂为州治；同时，析太末县之西设白石县并置濲州，州领太末、白石2县，白石为州治之所；七年（624）废衢州，并定阳，须江、白石、太末4县入信安县，隶婺州；贞观八年（634），从信安、金华2县析置龙丘县；武后垂拱二年（686），复置衢州，辖信安、龙丘、常山3县，属江南道，信安为州治；如意元年（692），分龙丘县之西置盈川县，衢州辖信安、龙丘、须江、常山、盈川5县；证圣元年（695年），分须江、定阳、弋阳3县置玉山县，隶衢州；天宝元年（742年），改衢州为信安郡；乾元元年（758），复为衢州，同年，玉山县改隶信州；衢州仍辖信安、龙丘、须江、盈川、常山5县，信安为州治，隶浙江东道；大历十四年（779年），改隶浙江西道；建中元年（780），复隶浙江东道；二年（781），又改隶浙江西道；贞元三年（787），复隶浙江东道；元和七年（812），废盈川县入信安；咸通中（860～874），改信安为西安，因西溪得名，仍隶衢州。

五代十国：衢州属吴越国（907～978），州治倚西安，辖西安、龙游、常山、江山4县；后唐长兴二年（931），吴越改龙丘为龙游。

明朝：明太祖己亥年（1359年亦即元至正十九年），改衢州路为龙游府，治所西安；丙午年（1366年亦即元至正二十六年），又改龙游府为衢州府，西安倚廓，隶浙江等处行中书省（洪武九年改浙江承宣布政使司）金衢道；永乐二十二年（1424），建越王府；宣德二年（1427），越王府除。明成化八年（1472年）龙游洋埠等部分地析出，与遂昌八、九两都，金华汤溪、蒋堂，兰溪游埠等置汤溪县，隶属金华。

清朝：清代沿袭明制，仍为衢州府，隶浙江省金衢严道；顺治八年（1651），浙闽总督移此；康熙二十三年（1684），裁撤，西安县仍为府治外，又为金衢严道治所；宣统三年七月（1911年8月7日），裁西安县并入衢州府，由府兼理县事。

民国：辛亥革命后（1911年11月7日），成立衢州军政分府，兼理县事；五年（1916），裁道，翌年复设，道尹仍驻衢县；十六年（1927），设第一特区县政督察专员公署，驻衢县；1948年，衢县属第三行政督察专员公署，属址移金华，辖衢县、龙游、常山、江山、开化、遂昌、金华、兰溪、东阳、义乌、永康、武义、浦江、汤溪。

1949年5月6日，衢县解放，始设军管会。

中华人民共和国

1949年10月，建衢州专员公署，此时辖衢县、龙游、常山、江山、开化、遂昌，衢州市，专属仍驻衢州，县政府迁至樟潭镇。

1951年，撤销衢州市，县府迁回衢县城区，专署驻衢县。

1955年3月，衢州专员公署撤销，衢县属金华专区。

1958年10月松阳县并入遂昌，改属丽水专区。

1958年11月，常山并入衢县。

1960年1月1日，龙游县并入。

1961年，复置常山县。

1979年9月，恢复衢州市，县、市并存。

1981年4月，撤县并入市。

1983年9月13日，龙游县析出，另立县治。

1984年，辖区不变。

1985年5月，金华地区撤销，衢州市升省辖市，原衢州市分设柯城区与衢县，实行市管县，市辖衢县、江山、常山、开化、龙游五县及柯城区。

1987年12月，江山县改县级市，属衢州市。

2001年升格衢县为衢江区。