元宝区是丹东城市的发祥地，19世纪中叶，山东、河北等地难民冲破柳条边，在大沙河一带谋生。因沙河口和东尖头是木材和农副产品集散地，交易极为兴旺。丹东市内最早的居民区也就在这里形成。

民国二十七年（1938年），安东市设区，始有元宝区称谓。

民国二十七年（1938年）至民国三十四年（1945年）8月日伪时期称分区。

民国三十四年（1945年）9月至民国三十五年（1946年）10月，安东第一次解放时期称公所。

民国三十五年（1946年）11月至民国三十六年（1947年）5月，国民党政府军队占领时期称保甲。

民国三十六年（1947年）6月安东第二次解放至1949年7月称街公所。

1949年7月，安东市人民政府决定撤销市内区街建置，元宝区随之撤销。

1950年10月，安东市人民政府根据抗美援朝战争需要决定恢复区街建制。

1978年后，县区行政机构发生变化，元宝区的称谓恢复。