清乾隆二十七年（1762年），设循化厅。清乾隆五十六年（1792年），循化厅境域，东南至老鸭关120里河周界；东至积石关60里河北碾伯县界，河南河州界；南至下则盖寨，多儿替寨，350里洮州厅（今甘肃临谭县）为界；西南至贺尔赛320里蒙古界（今青海黄南州河南蒙古族自治县）；西至清水河190里西宁府贵德厅为界；西北至掌教坊（现乙麻木）渡口15里，过河西宁府巴燕戎格厅界。河北有厅属加入，阿麻岔、专堂藏族3庄。厅境东西相距300里，南北相聚350里。循化厅所属族、寨、工、屯共94处。

《循化志》记载：乾隆五十七年（1792），循化厅“境域东南至老鸦关120里河州界；东至积石关60里河北碾伯县界，河南河州界，积石关内亦有厅属鸿化、灵藏2族，在河之北，中隔河州、碾伯县地；南至下则盖寨、多儿替寨350里洮洲厅界，西南至贺尔寨320里蒙古界；西至清水河190里西宁府贵德厅界；西北至掌教坊（今积石镇乙麻目村）河口15里，过河西宁府巴燕戎格厅界；北至黄河不及里，过河小积石山巴燕燕戎格厅界，河北有厅属加如、阿麻岔、砖塘藏族3庄。厅境东西相距300里，南北相距350里。”

民国时期辖境缩小：民国十五年（1926年），划南区拉卜楞、黑错（今甘肃合作）等地设立拉卜楞设治局。

民国十九年（1930年）4月1日，划北区马营6大社即鸿化头社、2社、3社、4社、灵藏头社组建民和县；8月8日划西区保安、隆务等地设同仁县。

民国二十一年（1932年）12月，划县属九族及牙党、川撒两族地方归甘肃和政县。

民国三十年（1941年）7月，划属地韩家山归甘肃永靖县。

1949年8月，解放后，将民国三十二年（1943年）设为循化第一区的甘肃临夏麻尼寺沟一带地区划归临夏县。

2009年县境四界为：东北至日托哇、马鞍山与青海省民和回族自治县为界；东至孟达自然保护局关门林业检查站、黑大山、五台山与甘肃省积石山保安族东乡族撒拉族自治县为界；东南至卧龙沟大滩（藏语称唐切吾）、休日山顶与甘肃省临夏县、夏河县为界；南至加木浪岗玛水与张俄日水汇合处（即夏河、循化、同仁三县交界）与甘肃夏河县、青海同仁县为界；西至隆务河与青海省同仁县、尖扎县为界；北至黄河以北小积石山与青海省化隆回族自治县为界。

口内十二族、东乡八族（今甘肃甘南境内）、北乡二族(今民和回族土族自治县境的马营镇一带)。

口外撒拉回民八工：西乡四工即街子、查家、苏只、查汗都斯工；东乡四工即清水、孟达、张尕、夕厂工。

西番四十九寨：起台五寨、边都沟七寨、下龙布六寨（即现今道帏、文都、尕楞三藏族乡境内）、上龙布十八寨、合儿五寨、阿巴剌巴寨（均在现今黄南州同仁、泽库二县境内）。

南番二十一寨（今甘肃南州境内）。

保安四屯：吴屯、季屯、李屯、脱屯（现今同仁县保安堡一带）。

清光绪元年（1875年），陕甘总督左宗棠因距循化厅城较远，又有回民杂处，将循化所属的南番二十一寨内买吾、黑错、上、下则盖、咱又等八寨划归洮州厅（今甘肃甘南州临潭县）。

民国二年（91913年），厅改县时设五区，下辖城、工、庄、族、沟、保37处。

民国16年（1927年），甘肃省正式成立拉布摆设治局，将循化所属的南番二十一寨全部划归设治局，翌年改县，因在大夏河上游，改名夏河县。

民国18年（1929年）8月，设同仁县，以隆务镇为县址。将（保安、隆务）、上龙布十八寨、合儿五寨、阿巴剌八寨划归同仁县县辖，取“一视同仁”之意。

民国19年（1930年），设民和县，以上川口为县治，民和原属乐都，循化县部分，取“政通人和”之意，划县属北区马营六大社，即：清时北乡二族鸿化，灵藏；鸿划头社、二社、三社、四社、灵藏头社、二社约10000余人归民和县管辖。

民国27年（1938年），推行保甲制度，全县划分1镇、18乡、65保，660甲。

民国32年（1943年），在甘肃省临夏县麻尼寺沟设循化第一区，辖莫尼沟、麻尼寺沟、癿藏一带地区，即信义乡3保、永寿乡8保、韩集乡2保、共3乡13保，1949年8月后归临夏县。

新中国成立前夕，循化设1镇6乡，29保346甲。

1949年10月后，自治县的行政归属几经变动，解放初至1958年，由省直辖，1959年至1961年，划归黄南藏族自治州代管，1962年至1979年，仍归省直辖。从1986年起至今，归海东地区行政公署管辖。

1949年10月，始建各级人民政权，全县分城东、城西建立两个区公所，为县人民政府派出机构。区以下暂时沿用新中国成立前1镇6乡的建制和称谓。行政区划也曾几经变动，大体参照旧习，按民族分布、自然村落的分布和地区特点确定。

1956年，合并为1镇10乡，即积石镇人民委员会、道帏藏族乡人民委员会、白庄乡人民委员会、清水乡人民委员会等。

1958年9月全县实现“人民公社化”，全县除国营红旗牧场外，合并为政社合一的4个人民公社。

1961年，划小工社规模，全县设11个人民公社。

1966年合并为9个公社。

1968年，各公社先后成立革命委员会。

1981年，撤销革命委员会，恢复人民公社管理委员会。是年，清水公社分设为清水、孟达两个公社，全县设有10各公社。

1984年，实行政社分设，改人民公社管理委员会为乡、镇人民政府、生产大队为行政村，生产队为农、牧业生产合作社。设1镇9乡，即积石镇、白庄、清水、孟达、街子、查汗都斯乡。重新确定道帏、文都、尕楞、岗察4个乡为藏族乡（其中岗察乡为岗察藏族牧业乡）。

2006年12月，因积石辖国家大型梯级电站动土新建，库区移民安置，孟达乡牧场村整体搬迁136户479人孟达乡并入清水乡。

2007年6月，乡镇机构改革，街子、白庄乡改设乡镇。

2009年底全县设3镇6乡（其中四个民族乡）154个村，674个生产合作社。