汉源县古名笮都，属蜀国。

公元前316年，秦灭蜀国设蜀郡，属蜀郡管辖。

汉武帝元鼎六年（公元前111年），汉武帝平定西南夷，以笮都为旄牛县置沈犁郡，郡治旄牛。

汉武帝天汉四年（公元前97年），撤沈犁郡入蜀郡。

东汉延光二年（123年），旄牛县治迁至今九襄镇。

东汉中平六年（189年），改蜀郡为汉嘉郡，旄牛县隶之。以后历代在此设郡、州、县等。

隋仁寿四年（604年），以汉源之名于今九襄镇置汉源县。

元、明为黎州安抚司。

清雍正七年（1729年），改称清溪县。

民国3年（1914年），因清溪县与贵州省的青溪县同名同音，复改名汉源县。

1950年3月，汉源解放，县城由清溪迁至九襄，属西康省雅安专区。

1952年10月，县政府驻地迁富林。

1955年10月，西康省并入四川省，汉源县属四川省雅安地区。

2000年12月，撤地设市，汉源县隶属四川省雅安市。