宁洱曾是一片水湾，是哈尼先民——濮人聚居的地方，称为“水边的寨子”，哈尼语发音为“普洱”。

商、周时，属产里地。秦朝属西南夷地。

西汉为哀牢地；东汉、三国蜀汉属益州永昌郡；两晋南北朝属宁州永昌郡。隋属濮部。

唐南诏国为步日赕（今宁洱县城），属银生节度。

宋大理国为威楚府步日部。

元置普日思摩甸长官司，属元江路。

明洪武十六年（1383），普日思麽甸长官司省入车里军民府，改称普耳，万历年间改称普洱。

清初属元江府，康熙三年（1663）设元江府分防通判驻普洱，雍正七年（1729）7月，设普洱府；雍正八年（1730）7月，普洱府属迤东道（治曲靖府）。雍正十三年（1735）10月，以攸乐通判改置宁洱县，辖圆通、信成、善长、嘉会、义正五里和、普藤、勐旺、整董、勐乌、乌得五勐地及竜得、等角，为普洱府驻地。乾隆三十一年（1766）10月，普洱府属迤南道（治普洱府）。

民国二年（1913）4月，裁府留县，宁洱县更名为普洱县，迤南道更名为滇南道，普洱县为滇南道驻地；民国三年（1914）6月，滇南道改为普洱道，道署由宁洱县迁驻思茅县；因与道同名，普洱县复名为宁洱县。

民国十五年（1926），普洱道署迁回宁洱县。

民国十八年（1929）11月，废普洱道，设立云南省第二殖边督办公署，公署驻宁洱县；民国二十一年（1932）4月，宁洱县属第12政务视察区；民国二十三年（1934）4月，宁洱县属第15政务视察区；民国二十四年（1935）8月，宁洱县属第6政务视察区；民国二十七年（1938）9月，宁洱县属第8政务视察区；民国二十八年（1939）第二殖办督办公署裁撤；民国三十年（1941）6月15日，宁洱县属云南省第一区行政督察专员公署，为专署驻地；民国三十一年（1942）7月，宁洱县属第四区行政督察专员公署，为专署驻地；民国三十五年（1946）10月，宁洱县属第七区行政督察专员公署。

1949年3月11日，宁洱解放；5月10日，宁洱县临时人民政府成立。8月1日，改称宁洱县人民政府，为宁洱专区驻地。9月，宁洱哈尼族彝族自治县成立10个区、104个村、6个街人民政府。

1950年11月，宁洱县人民政府驻地由宁洱迁往磨黑。

1951年4月2日，政务院批准将宁洱专区更名为普洱专区，将宁洱县更名为普洱县，县人民政府驻宁洱镇，普洱专区驻普洱县。

1953年3月28日，政务院批准：普洱专区更名为思茅专区，驻地由普洱县迁至思茅县（1955年5月迁驻思茅）。

1955年6月，普洱县人民政府驻地从磨黑迁回宁洱。

1958年3月，普洱县通关区（面积361平方千米）划归墨江县。

1960年9月13日，国务院撤销思茅县，将原思茅县的行政区域并归普洱县（1958年11月撤并）。

1970年，思茅专区改为思茅地区，普洱县属思茅地区。

1981年5月9日国务院批复设立思茅县。

1985年6月11日国务院批复撤销普洱县，设立普洱哈尼族彝族自治县。以原普洱县的行政区域为普洱哈尼族彝族自治县的行政区域。12月15日正式成立。

2003年10月30日，国务院批准撤销思茅地区，设立地级思茅市，普洱县属地级思茅市。

2005年，普洱县撤销凤阳乡并入宁洱镇；撤销把边乡并入磨黑镇。

2007年1月21日，国务院批准普洱哈尼族彝族自治县更名为宁洱哈尼族彝族自治县。4月8日，普洱哈尼族彝族自治县正式更名为宁洱哈尼族彝族自治县。