萨嘎，藏语意为“可爱的地方”。

萨嘎，公元14世纪帕竹政权即在此设“萨嘎敦巴宗”。

西藏和平解放前萨嘎县称为萨嘎宗，属西藏嘎厦（地方）政府管辖，该宗设有东、西即僧俗两个宗本，由噶厦政府从哲蚌寺、色拉寺和大昭寺中直接选派任命。政权体制形式是“政教合一”的封建农奴制度。

1959年9月20日，成立中共萨嘎县临时委员会，1960年4月，成立了萨嘎县人民政府。

1960年5月，中共西藏工委决定，正式成立中共萨嘎县委员会。

1972年6月8日经西藏自治区革命委员会批准将县城迁至加加镇，于1974年10月14日正式搬迁。