仲巴，藏语意为“野牛之地”。

仲巴，1951年以前称珠珠宗，属阿里噶本管辖。

1960年设仲巴县，由阿里专署管辖。

1962年9月，仲巴县划归日喀则专署管辖。建县时机关驻岗久，1964年3月迁扎东。由于当地沙害严重，1986年，经国务院批准，决定将县址由扎东搬迁到扎东偏西20公里的马泉河与柴河汇合处刮那古塘。

1990年8月27日，经国务院批准，县址迁至托吉。

2014年7月，日喀则撤地设市，仲巴县属于日喀则市。县府现驻帕羊。