公元953年设东流县，历史变迁而县制无有更易，1952年建城内镇，1953年改为城关镇，1958年撤销城关镇，成立城东人民公社。

1961年划属双塔区，1964年从设东流镇，1969年并入向东公社，1972年改为东流社，1978年在设东流镇，1985年升为县属镇。

撤区并乡村时，将长安、长岭乡并入东流镇，逐升为副县级镇。

命名由来

东流镇濒临长江南岸，取“大江曲折来，到此如东流”诗句中的“东流”为名，晋代陶渊明任彭泽县令时，曾在东流种菊，古称东流为“菊所”、“菊邑”，还因镇内秀峰、天然两古塔对峙，又称“双塔”。