根据我公司与政府签订的协议规定，房屋拆迁补偿费和安置房的费用由我公司负责。此前收取的被拆迁户的按政府规定的安置面积与原被拆迁面积的价款，视同商品房销售收入缴纳了营业税及附加、预交了土地增值税和企业所得税。根据国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》国税函[2010]220号文件规定：回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。我理解就是此款不用缴纳土地增值税，是否也不作为销售收入缴纳营业税和企业所得税？

　　一、根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定：

　　“（一）房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。”

　　所以，收取的补偿价差一样要计算缴纳土地增值税。

　　二、根据《国家税务总局关于外商投资企业从事城市住宅小区建设征收营业税问题的批复》（国税函[1995]549号）规定：“对外商投资企业从事城市住宅小区建设，应当按照《中华人民共和国营业税暂行条例》的有关规定，就其取得的营业额计征营业税；对偿还面积与拆迁建筑面积相等的部分，由当地税务机关按同类住宅房屋的成本价核定计征营业税，对最终转让时未作价结算的住宅区配套公共设施（如居委会用房、车棚、托儿所等），凡转让收入已包含在住宅房屋转让价格中并已征收营业税的，不再征收营业税。

　　因此，对于偿还面积与拆迁建筑面积相等的部分，由当地税务机关按同类住宅房屋的成本价核定计征营业税，超面积补偿应当按实际收入计算缴纳营业税。

　　三、根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第六十六条第三款规定：“通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的无形资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础。”

　　根据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）第七条规定：

　　“企业将开发产品用于捐赠、赞助、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他企事业单位和个人的非货币性资产等行为，应视同销售，于开发产品所有权或使用权转移，或于实际取得利益权利时确认收入（或利润）的实现。确认收入（或利润）的方法和顺序为：

　　（一）按本企业近期或本年度最近月份同类开发产品市场销售价格确定。

　　（二）由主管税务机关参照当地同类开发产品市场公允价值确定。

　　（三）按开发产品的成本利润率确定。开发产品的成本利润率不得低于15%，具体比例由主管税务机关确定。”

　　因此，房地产开发企业收取的补差价款，也是销售房屋收入的一部分，应当计算缴纳企业所得税。

　　仅供参考。具体事宜请直接咨询的主管或所在地税务机关咨询。