湖泊以仅占全球淡水万分之一的水量，以不到全球面积1％的水体，提供了全球生态系统服务价值的40％。湖泊的环境保护具有极其重要的地位与意义。然而，在所有的自然生态系统中，湖泊又是最脆弱和最难恢复的生态系统之一。目前世界各地的湖泊几乎都面临着同样的问题。
在全球气候变化和工业化、城镇化进程快速推进的背景下，我国湖泊管理与保护面临严峻挑战。
一是湖区防洪能力依然偏低。特别是受河道淤积、城镇及圩区面积扩大、河湖面积减少等因素影响，防洪减灾的难度进一步增加。
二是湖泊萎缩退化形势严峻。在气候变化和人类活动的双重作用下，一些湖泊出现了水位持续下降、集水面积和蓄水量不断减小的现象，有的湖泊甚至干涸。自20世纪50年代以来，全国大于10平方公里湖泊中，干涸面积4326平方公里，萎缩减少面积9570平方公里，减少蓄水量516亿立方米。
三是湖泊水质恶化趋势尚未遏制。水体富营养化问题严重，一些湖泊出现水华暴发、水体缺氧等现象，不少湖泊水质已沦为Ⅴ类或劣Ⅴ类。在2007年调查统计的43个湖泊中，有27个湖泊处于富营养化状态，其中，太湖、巢湖、滇池等12个湖泊处于重度富营养化状态。
四是湖泊生态功能严重退化。一些地区对湖泊资源的不合理开发利用，破坏了湖泊生态系统平衡，导致湖泊生物多样性锐减，湖区植被衰退，湖周土地沙化，湿地严重萎缩，湖泊系统急剧退化，严重威胁着周边地区生态安全。