检察院公诉退侦两次后应该做出不起诉决定。对于公安机关移送的案件，不是每件都能通过起诉，对于证据不全的，检察院会退回去。要求办案机关补充侦查就是为了防止出现冤假错案，充分保障当事人的权益，也是检察院监督职能的体现。对于退回来的案件，办案机关应该格外重视，做好继续侦查的工作。

一、检察院公诉退侦两次后怎么处理?

检察院退侦两次，如果仍然证据不足的，检察院会作出不起诉的决定，如果被不起诉人在押，应当立即释放。人民检察院在办理审查起诉案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查。补充侦查以二次为限，每次不超过一个月。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。因此，对于第一次补充侦查起诉的案件，如果侦查机关无法提供更多证据的，可以选择撤案。对于第二次补充侦查的案件，检察机关不能再退回公安机关，应该做出起诉或不起诉的决定。

二、公安机关补充侦查后作出哪些决定?

对人民检察院退回补充侦查的案件，原侦查部门应当对案件的事实、证据和定性处理意见进行认真、全面地审查，分析研究人民检察院退回补充侦查意见，根据不同情况，报县级以上公安机关负责人批准，分别作如下处理：

1、原认定犯罪事实清楚，证据不够充分的，在补充证据后，应当制作《补充侦查报告书》，移送人民检察院审查;对有些证据无法补充的，应当作出说明;

2、在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作《起诉意见书》，移送人民检察院审查;

3、发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民检察院;

4、原认定犯罪事实清楚、证据确实充分、人民检察院退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民检察院审查。

综上所述，刑事案件办理需要多个部门的协作，办案机关认为犯罪事实清晰的，可以交检察院起诉。对于证据模糊的案件，检察院拿不准的话，会要求公安机关补充侦查，继续收集证据，退回补充侦查的次数最多是两次，多次退回后检察院应该做出不起诉决定。公安机关经过侦查的确发现之前存在错误，可以撤案，不移送案件。