存疑不起诉不会留下案底。案底只能由人民法院依法判决，但是如果确实构成犯罪的，人民法院判决生效以后，会有案底。存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的。检察院在证据不足的情况下，对当事人不起诉是保障人权的体现。

一、存疑不起诉会有案底吗?

案底是指犯罪记录，案底只能由人民法院依法判决，但是如果确实构成犯罪的，人民法院判决生效以后，会有案底。因此，存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的。案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录。又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录。对犯罪人员信息进行合理登记和有效管理，既有助于国家有关部门充分掌握与运用犯罪人员信息，有效防控犯罪，维护社会秩序，也有助于保障有犯罪记录的人的合法权利，帮助其顺利回归社会。

二、哪些情况符合存疑不起诉?

1、《刑事诉讼法》第一百七十五条  对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种不起诉的适用前提是案件必须经过补充侦查。因为证据不足属于不具备起诉条件的情况，因而不能提出起诉。

2、依据最高人民检察院的《规则》的规定，具有下列情形之一的，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪或需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件，可以做出不起诉决定：

(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;

(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的

(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;

(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。

综上所述，检察院审查起诉阶段，会重点对证据展开调查，如果做成存疑不起诉的决定，对当事人应当释放，再羁押是不合适的。没有起诉到法院，自然就没有审判环节，这样不会给当事人留下案底。存疑不起诉不是说当事人一定无罪，后期有确凿证据的，还可以起诉的。