案件进入审查起诉阶段，是在检察机关处理的。审查起诉是指人民检察院对公安机关移送起诉或免予起诉的案件，审查决定是否起诉的活动。在审查起诉中，人民检察院对侦查阶段查明的犯罪事实和搜集的证据进行全面复查，既是对侦查工作的检查和验收，又是侦查工作的深入和发展，其目的是进一步保证案件的质量。

一、案件进入审查起诉阶段是在哪个司法机关处理?

案件进入审查起诉阶段，是在检察机关处理的。审查起诉是指人民检察院对公安机关移送起诉或免予起诉的案件，审查决定是否起诉的活动。在中国，审查起诉活动是人民检察院职权之一，是刑事诉讼法规定的必经程序。在审查起诉中，人民检察院对侦查阶段查明的犯罪事实和搜集的证据进行全面复查，既是对侦查工作的检查和验收，又是侦查工作的深入和发展，其目的是进一步保证案件的质量。

其主要内容是：对移送审查的案件进行全面审查并依法做出提起公诉或者不起诉的决定;对侦查机关的侦查活动进行监督，纠正违法情况;复查被害人、犯罪嫌疑人的申诉;对侦查机关认为不起诉的决定有错误而要求复议、提请复核的进行复议、复核。

审查起诉，是指人民检察院在提起公诉阶段，为了确定经侦查终结的刑事案件是否应当提起公诉，而对侦查机关确认的犯罪事实和证据、犯罪性质和罪名进行审查核实，并作出处理决定的一项诉讼活动。它是实现人民检察院公诉职能的一项最基本的准备工作，也是人民检察院对侦查活动实行法律监督的一项重要手段。因此，它对保证人民检察院正确地提起公诉，发现和纠正侦查活动中的违法行为，具有重要意义。

二、司法解释

根据我国《刑事诉讼法》的规定，人民检察院对于侦查机关移送审查起诉的案件，应当在7日内进行审查，审查的期限计入审查起诉的期限。人民检察院收到侦查机关的起诉意见书后，应当指定检察人员审查案件是否属于本院管辖，起诉意见书以及案卷材料是否齐备，案卷装订、移送是否符合有关规定和要求，诉讼文书，技术性鉴定材料是否单独装订成卷，作为证据使用的实物是否随案移送及移送的实物与物品清单是否相符，犯罪嫌疑人是否在案及采取强制措施的情况。

经过审查，对具备受理条件的，填写受理审查起诉登记表，对移送的起诉意见书及其他材料不符合有关规定和要求或者有遗漏的，应当要求侦查机关按照要求制作后移送或者在3日内补送。对于犯罪嫌疑人在逃的，应当要求侦查机关采取措施保证在逃的犯罪嫌疑人到案后另案移送审查起诉，对在案的犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。人民检察院审查起诉部门受理本院侦查部门移送审查起诉的案件，应当按照上述程序办理。

案件进行审查起诉阶段后，应当由检察机关对诉讼案件进行审查，并提交到审判机关进行司法判决。在审查起诉阶段，检察机关应当根据犯罪事实的认定，对诉讼案件依据相关的法律进行初步法律适用，并将有关结果通报审判机关，审判机关可以参考相关情况做出合法的司法判决。