检察院的自侦案件的批捕依然由检察院决定。贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪由人民检察院立案侦查。对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。

一、检察院的自侦案件的批捕由谁决定?

逮捕仍然是检察院批准。对于属于检察院管辖的刑事侦查案件，检察院内部的刑事侦查机构应按照《刑事诉讼法》中所对公安机关侦查刑事案件的相关规定执行，对于犯罪嫌疑人认为需要逮捕的，仍应报检察院内部的批捕科(处)来要求批准逮捕，由检察院作出批准逮捕的决定后，再交由公安机关执行逮捕。

下级检察院侦查部门对职务犯罪嫌疑人报请上一级检察院逮捕时要先经本院侦查监督部门审查，报本级院检察长或检委会审批后，再报上级院审查决定。此外，下级检察院侦查监督部门仍承担职务犯罪案件的立案监督、侦查活动监督等职能。

二、检察院自侦案件立案程序是什么?

检察机关依法进行侦査活动，对被告采取必要的强制性措施的前提。中国刑事诉讼法第13条规定了检察机关直接受理刑事案件的管辖范围。检察机关立案材料的来源主要有：机关、团体、企业、事业单位以及公民的控告、检举，犯罪人的自首，公安机关、人民法院的移送，上级机关交办的案件，人民检察院自己发现的犯罪事实。

检察机关在立案前，必须对立案材料进行审査，必要时开展立案前调査，以确定是否有需要追究刑事责任的犯罪事实发生，并排除诬告、错告。经审査，确有需要追究刑事责任的犯罪事实发生，符合立案标准及其他立案条件的，应当迅速办理立案手续。由承办的检察人员制作立案请示报告，经集体讨论后，由检察长批准或检察委员会决定立案。犯罪人是全国人民代表大会代表或县以上地方各级人民代表大会代表的，在立案前，应向全国或相应的地方人民代表大会常务委员会通报。在立案后也应按规定报上一级人民检察院备案。

综上所述，大部分刑事案件都是由公安机关侦查，而像贪污受贿等国家工作人员职务犯罪的，检察院接到报案线索后可以自行侦查，启动自侦案件的立案程序。对于需要逮捕的犯罪嫌疑人，检察院审查决定。一般来说，重大案件都需要上级检察院批捕。