①病因不同：乙脑是由乙脑病毒引起，而流脑是由脑膜炎双球菌引起。

　　②传播途径方面：乙脑是由带乙脑病毒的蚊子叮咬人体后传播的，而流脑是借空气，通过人的呼吸道传播的。

　　③流行季节不同：乙脑多发生在夏秋季，流脑多发生在冬春季。

　　④病变部位不同：乙脑是脑实质的损害，主要部位在大脑，脑干，而流脑是脑脊髓膜的病变，脑实质的损害轻微。