抗生素在菌痢的治疗上很重要，可以加速痢疾杆菌的消失，缩短病程。临床实践证明，氟哌酸是目前最佳抗痢药物，病情严重的病人，可联合应用磺胺增效剂。同时也可选用黄连素、吡哌酸等药物治疗。我国采取以654-2为主的综合疗法治疗中毒型菌痢，取得了较好疗效。具体用法：

　　①氟哌酸每日15～20毫克/公斤体重，分2次服，疗程3～5日。

　　②氟哌酸与654-2联合用药。氟听酸600毫克，12小时1次，共4次。654-210毫克，1日2次，共4次。

　　③氟哌酸与磺胺增效剂、654-2联合用药；氟哌酸600毫克，12小时1次，共4次。磺胺增效剂200毫克，12小时1次，共4次。654-210毫克，12小时1次，共4次。④氟啶酸400毫克，1日2次，共4日。

　　⑤吡哌酸1克，1日2次、共5日。

　　⑥吡哌酸与磺胺增效剂联合用药。吡哌酸1克，1日2次，共5日。磺胺增效剂150毫克，1日2次，共5日。

　　⑦利福平与磺胺增效剂联合用药。利福平600毫克，12小时1次，共1日。磺胺增效剂200毫克。12小时1次，共1日。

　　⑧黄连素口服每日2克以下，并可与磺胺增效剂联合应用，其疗效肯定，副作用小，为抗痢药物中副作用最小者。