本病临床复杂多变，一些不典型病人或特殊类型易造成误诊，有人统计误诊病种达25种之多。本病发热期与低血压期易误诊为流脑、流感、败血症、钩端螺旋体病、斑疹伤寒等。特别是重型出血热和流脑均可出现发热、头痛、呕吐、皮肤出血点和斑、休克及脑膜刺激征等，但出血热头痛一般不及流脑剧烈，呕吐也不象流脑多呈喷射性。流脑约70％病人有皮肤出血点，大小不等、也缘不整，以四肢多见，涂片可查到脑膜炎双球菌。出血热有突出的腰痛、肾区叩击痛及酒醉面容、明显而持久的蛋白尿，流脑则以脑膜刺激征突出，并有脑脊液改变，且流行在冬春季节，小儿多见。另外金黄色葡萄球菌败血症时，由于红斑毒素也可使皮肤潮红，应与出血热鉴别。

　　少尿期易误诊为肾炎，但肾小球肾炎发病前常有溶血性链球菌感染史，发热多不重，也无皮肤充血出血现象。急性肾盂肾炎则有明显的尿急、尿频，尿中有大量的脓血球，也无皮肤充血出血现象。

　　以出血现象为主的出血热易误诊为急性白血病、血小板减少性和过敏性紫癜、肠伤寒出血等。少数病人因剧烈腹痛伴腹肌紧张和压痛而误诊为急腹症。