菌痢与阿米巴痢疾均可出现腹痛、腹泻、脓血便，所以两者容易混淆，且治疗药物不同，故鉴别十分重要。一般来说，急性菌痢多呈流行性发作，全身症状较重，大便次数多，里急后重显著，左下腹有压痛，大便量少，脓血便以脓为主，呈鲜红色。大便显微镜检查白细胞满视野或红、白细胞满视野，有吞噬细胞，无阿米巴滋养体及特殊结晶。大便培养痢疾杆菌阳性。乙状结肠镜检查可见病变弥漫，溃疡表浅。氟哌酸治疗效果良好，而灭滴灵疗效不显。急性阿米巴痢疾大多呈散发性发病，全身中毒症状比较轻，大便次数没有菌痢多，里急后重不明显，右下腹可有压痛，大便量多，脓血便以血为主，呈暗红色或果酱样。大便显微镜检查红细胞满视野或红、白细胞满视野，吞噬细胞少见，有阿米巴滋养体及有夏科雷登氏结晶。大便培养溶组织阿米巴原虫阳性。乙状结肠镜检查可见溃疡较深，溃疡间粘膜正常。灭滴灵治疗疗效明显，而氟哌酸治疗疗效不显。