自然界一切事物都是在互相联系中运动变化着,其中有一种普遍的联系叫因果联系。限于历史条件,中医在古代就是靠直观观察各种现象来发现因果规律的。《内经》指出,许多疾病与气候变化以及空气中的某些因素有关,于是有“风者,百病之始也”的说法（《素问·骨空论》）。还发现许多疾病与机能的太过或不及等紊乱情况有关,于是又有“百病生于气也”的论断（《素问·举痛论》）。从现代医学观点来看,呼吸道传染病及其他感染一类的疾病,的确占很大一部分,而且往往是其他疾病的先导。另外七情刺激或过劳等造成的功能紊乱,也是多种疾病的主要原因。

　　古人在积累丰富的生活经验和医疗经验的基础上,做出这种概括是有粗略的统计学依据的。后世医家发展了这种理论,根据病因把疾病分为外感、内伤两大类,今天看来,也是有其科学价值的。《内经》把病因分为阴阳两大类,六淫等外感因素属阳,房劳、七情等内伤因素属阴。这种靠直观观察得到的认识,虽然只停留在宏观现象的水平,未免失于笼统,但是在整理这些认识上升到理论时,却能站在朴素的唯物辩证法哲学的高度来进行概括,这应该说是更深刻地认识到事物的本质。在当时的条件下,对一些微观现象虽无法具体了解,但却进行了聪明的想像和推测,例如对疠气、毒气、尸虫、痨虫、蛊毒等等的认识就是如此。

　　中医学对具体的致病因子和病理机制虽然并不十分清楚,但却运用了类似《控制论》中的黑箱方法,从人体与外环境的联系上,综合认识了机体内外环境对机能状态的影响。它是从机体的反应性出发,概括了多因素对人体的综合作用。中医学不追究什么终极的致病原因,它只是从人体反应状态与生活条件变化及治疗手段等等的因果联系中,总结出某些规律性的认识,这就是所谓“审证求因”。

　　在汉代张仲景的《金匮要略》中,又把病因分为三类,对病因的认识更为丰富。到宋代,陈言的《三因极一病证方论》,更明确地提出了“三因”学说。认为六淫邪气为外因（非哲学上的概念）,七情所伤为内因,饮食、劳倦、房室、跌仆、金刃、虫兽等所伤为不内外因。至此,中医学的病因学说已形成了完整系统的理论。巢元方的《诸病源候总论》以及其他各家学说,又有许多对个别疾病的致病因素的具体研究和论述,如对肺结核、疟疾等病有关病因的论述,都有接近于现代的认识,这就使中医病因学说更加丰富多彩。

　　总之,可以说中医学的病因学说,是在长期临床实践和观察中形成的,是能够指导预防和治疗的科学理论,它是为了便于对人体进行调节控制,而把人体反应状态分为几个基本的类型。